岡山的扶桑軍正式向唐軍投降，其他地區的扶桑勢力則處于觀望狀態，暫時接受新天皇的統治。唐軍經過連續戰斗，終于取得了對扶桑作戰的勝利，完成了占據扶桑的目標。
至此，唐軍先后擊敗契丹、渤海、新羅、扶桑等國，完成了第三階段戰事的目標，唐軍上下洋溢著勝利的喜悅。但是唐軍在扶桑取得的夾生飯式勝利，以及唐軍簡單的處置方式，為后面發生的變局，埋下了隱患。
扶桑軍投降后，平東軍決定和興中軍分開駐守，平東軍轉移到北九州，守住扶桑通向新羅和唐朝的門戶，并負責九州島的管理。興中軍留在岡山，負責本州島西部和四國島的管理，并監視軟禁的天皇。
平海軍分成兩半，一半由副將孟慶宇率領，駐扎大阪，一半由李元奕率領，駐扎奈良，監視和指導扶桑新朝廷的運轉。
李元奕駐守奈良，享受扶桑都城的貢賦，可以對扶桑新天皇指手畫腳，干預政務，儼然就是扶桑的太上皇，過得是好不愜意。
田弘正帶領平東軍轉移到北九州后，派人乘船攜帶信函，將扶桑的戰事和處置情況送到登州。
此時，田弘正想起李純曾經給過他一個密函，說到了扶桑以后再打開，前面一直打仗沒來得及看，這時急忙打開來看，只見上面寫著“扶桑人生性狡詐，要嚴厲打擊，如降而復叛，殺無赦！”
田弘正趕忙把這個密函的內容傳達給興中軍、平海軍，此時已處于隆冬，扶桑到處下雪，大家都龜縮起來，到處都很安靜，根本沒有叛亂的跡象，興中軍、平海軍也就沒有引起足夠的重視。
田弘正仔細分析了李純的旨意，認為扶桑還有大量殘余勢力，復叛的可能性很大，而且唐軍還有一個弱點，就是人數少。
雖然唐軍憑借火器強大的優勢，可以以少勝多，但是占領地方，加強末端統治有點力不從心，如果發生叛亂的話，到處分兵鎮壓，也會捉襟見肘。
為了穩妥起見，田弘正派副將吳元濟到新羅，招募一批新羅軍，到時可以用新羅軍作為仆從軍，用來幫助唐軍對付扶桑人。
平東軍派人送出的報告到達到登州后，武元衡就覺得前線將領的意見和李純的意圖不合，怎么能貿然扶持什么傀儡政權呢？
唐軍要的是盡收其地，最后要搞直接統治，扶桑天皇也應該像渤海國王、新羅國王一樣，送到唐朝來軟禁，把這些重要人物抓到自己手里才穩妥。
但是一想這些將領也是事急從權，畢竟是立了功，后面還有轉圜的余地，就不便過于追究。為了穩妥起見，武元衡還是決定將此事上報朝廷，由李純決定如何處置。
自開戰以來，李純也在密切關注戰局，定期都有快馬報送前方戰事的進展情況，李純也會給前線下達重要指示，派人及時向前方運送糧草彈藥，保證戰事的順利進行。
12月份，李純收到關于扶桑戰事的處置情況，李純認真閱看了以后，能夠理解前方將領為了快速戰斗采取的一些懷柔措施，但是第三次大戰和前兩次不同，以占地為主要目的，不適合繼續搞羈縻政策，不宜再委任當地首領搞傀儡政權，后面還是要由朝廷派去官員進行直接統治。
綜合考慮一番后，李純決定采取漸進式改變對新征服區的統治模式，首先肢解各國的中央政權，分裂成幾個小的羈縻州，由朝廷派出大員治理，而后逐漸再把各小政權的權力收上來，再繼續往下拓展，完成對新征服地區的全面統治。
李純正式下達旨意，要求將扶桑天皇及家人全部押送到長安，由外事部進行統一供養。
授予李聽安北都護一職，暫時管理渤海國及其以北所征服的土地，認可其對契丹、渤海等地肢解成羈縻州的管理模式。遼河以東、浿江以北的土地仍由安東都護府管理，徹底清理高句麗殘余勢力。
授予劉光顏新羅都護一職，將新羅肢解為10個羈縻州，不設傀儡朝廷，新羅暫由新羅都護統一管理。
扶桑肢解為12個羈縻州，解散新成立的傀儡政權，新老兩個天皇均要送到長安。授予李元奕扶桑都護一職，實際上管理大阪以東的區域，九州島由田弘正管理，本州島西部和四國島由嚴秦管理。
五個將領臨時管理所占之地，后續朝廷將正式委派官員赴任，管理這些地區。
元和十年正月，各地陸續接到圣旨，但是各地反應不一。契丹、渤海、室韋等地原本就已經肢解成幾個小國，直接把國王、可汗改成州刺史即可，執行難度不大。
新羅那邊，國王已經送到長安了，新羅的朝廷已經處于瓦解狀態，僅留了幾個朝臣幫助唐軍進行統治，可以直接把新羅的10個州直接歸新羅都護府管理。
扶桑這邊，就有點尷尬了，新的扶桑朝廷已經運轉了，低三下四聽從唐軍的指令，突然又要解散，由唐朝派人直接統治，等于徹底斷掉扶桑皇室的傳承，扶桑人心理上接受不了。
更氣人的是兩個天皇都要送到唐朝軟禁，與前面達成的投降條件完全不符，扶桑人都快氣炸了。
在扶桑的唐軍只能按照李純的意見辦事，由平海軍和興中軍先后將兩個天皇及家人送到北九州，由田弘正派人乘船將兩人押送到登州，再由武元衡派人送到長安。
扶桑各地，除了九州島的戰事進行的比較徹底，算是唐軍完全占領，本州島奈良以西算是勉強占領，四國島和本州島中東部唐軍尚未占領。
那些未被占領的地區，本來就是依靠扶桑的原傀儡政權代為管理，天皇政權一旦垮臺，這些地方就成了割據勢力。
扶桑人本來就性格強硬、崇尚武力，被唐軍打敗后本來就心懷怨恨，這次又把他們的兩個天皇送到唐朝軟禁，就相當于點燃了火藥桶。
扶桑各地的勢力開始秘密串聯，籌劃發起一場大型叛亂，趕走唐軍，重建扶桑國。
天皇政權倒臺后，扶桑境內林立著很多謀求反唐的勢力，實力最強的是江戶藩主北條政康。
江戶（今日本東京）位于本州島東部，擁有扶桑最大的關東平原，境內人口眾多，實力雄厚。當地原本就駐軍兩萬，北條政康又積極招徠戰敗的散兵游勇，還吸納了很多浪人武士，將軍隊擴充到了四萬。
本州中部的美濃（名古屋一帶）、北部的越后，東北部的陸奧等各大勢力，也都乘機擴軍，先后匯合到江戶，擁立北條政康為征夷大將軍，共聚集了8萬大軍向西討伐唐軍。
北條政康帶領的扶桑軍一路招徠武士加入，聲勢浩大，在元和10年2月份到達奈良附近時，已經擁有12萬人馬，他們將奈良團團圍住，并分兵攻擊大阪。
加藤康立、山田一郎、山岡正成等降將趁機逃脫，加藤康立從岡山向北逃到出云一帶，召集4萬軍隊，準備反擊興中軍，山岡正成逃到四國島，在四國聚集兵力2萬人，準備與加藤康立聯手攻擊興中軍，山田一郎則逃到了北條政康軍中，作為北條軍的先鋒，欲報夜襲失敗之仇。
九州島的扶桑人聞訊，也有部分降兵復叛，但是田弘正準備比較充分，吳元濟在新羅抽調的3萬新羅軍也趕到了，他們迅速反擊，以較快的速度撲滅了九州島的叛亂。
嚴秦對扶桑軍的叛亂，非常憤怒，帶領興中軍分頭剿滅，可是這些扶桑軍學精了，不敢跟唐軍硬碰，玩起了游擊戰。
大隊唐軍一去，他們就躲進山中，如果有唐軍落單，或者出現小股的唐軍，扶桑叛軍就發動襲擊，搞得興中軍疲于應付，只敢抱團行動，難以實質上重創扶桑叛軍。
李元奕就更難過了，扶桑軍越聚越多，將奈良和大阪圍住，不斷發動襲擊，平海軍只要發動反擊，他們就退去，在其他唐軍防備薄弱的地方發動襲擊，經常是聲東擊西，到處打擊唐軍。
由于平海軍在數量上處于劣勢，扶桑軍又不來硬碰，就是利用兵力優勢四處出擊，到處襲擾，搞得平海軍疲憊不堪，索性直接守城，也不出去了，然后向興中軍和平東軍求援。
興中軍自顧不暇，起到關鍵作用的只有平東軍，田弘正決定采取由西向東一路平推的方式，會同興中軍、平海軍徹底消滅叛軍。在實施上，田弘正決定首先幫助興中軍，第一步重點剿滅加藤康立叛軍。
田弘正要求，興中軍分出一部分兵力應對四國島叛軍的襲擾，主力放在廣島到岡山一帶沿海重要據點內，以防御為主，阻止加藤康立軍與山岡正成軍的聯系，將加藤康立軍徹底圍困在本州西部半島，由平東軍實施主攻，先集中力量消滅加藤康立軍。
考慮到本州島西部是一個東西長、南北窄的半島，田弘正把部隊分成兩撥，自己率領平東軍位于第一波，將手中的幾個旅呈扇形南北展開，在前方排查擊殺敵軍。吳元濟帶領新羅軍為第二波，在平東軍后側，也呈扇形南北展開，在平東軍后側排查擊殺漏網之魚。
平東軍武器好，戰斗力強，在一線排查殺傷敵軍主力，新羅軍戰斗力差一些，但是在二線排查殺傷一線漏掉的敵軍，也是綽綽有余。
經過一系列的經歷，田弘正和吳元濟認為，這次必須下死手，徹底把扶桑人打殘打服！所以對部隊下達了剿滅為主的命令，碰到敵軍先殺再說，一路射殺過去，把其徹底打服再考慮讓其投降。
新羅人戰力不強，為了調動他們的積極性，吳元濟許諾，每殺一個扶桑叛軍，新羅兵可以拿人頭換取一貫錢，錢自然是要從繳獲的扶桑財物里出。
布置停當以后，田弘正就帶著平東軍和新羅軍從下關一路向東掃蕩過去。加藤康立剛開始還想繼續玩游擊戰，先回避唐軍的鋒芒，可是唐軍像篩子一樣推過來，扶桑軍根本沒有穿插的機會，每退一步，自己的地盤就少一分。
后面，加藤康立只能硬著頭皮和唐軍干兩仗，扶桑軍的刀箭根本不是唐軍火器的對手，只要是唐軍經過的地方，扶桑軍基本被消滅，僥幸逃脫的，也會被二線的新羅軍擊殺。
新羅軍看到漏網的扶桑軍就像看到行走的銅錢，爭先恐后的過去砍殺，動作快的，割下腦袋找監督官換錢，沒有搶到的只怨自己動作慢。
游擊戰對于唐軍的新戰法根本無效，加藤康立于是帶人向南突圍，那邊的興中軍早已嚴陣以待，碰到扶桑軍也是一陣射殺。
山岡正成多次率軍乘船從四國島過來接應，也被防守的興中軍擊退，無計可施。加藤康立軍西面是平東軍的扇形碾壓，北面是大海，南邊過不去，只能邊戰邊向東潰退。
在興中軍的配合下，平東軍和新羅軍一直打到神戶一帶，一路殺了兩萬扶桑軍，徹底剿滅了本州西部的扶桑叛軍，加藤康立只得率領兩萬殘軍向東投靠北條政康。
田弘正先率領平東軍攻擊大阪外圍的扶桑軍，大阪城外的扶桑軍不敵，向東退去，大阪正式解圍。為了穩妥起見，平東軍分出一萬兵力支援奈良的平海軍，先穩住奈良的局勢。
然后，田弘正、嚴秦用兩軍剩余的兵力，會同新羅軍，在四國島登陸，上岸后繼續采用拉網式絞殺的戰法，徹底剿滅了島上的扶桑叛軍。四國一戰，唐軍又斬殺了一萬多扶桑叛軍，山岡正成帶領八千殘軍乘船狼狽逃向名古屋。
清剿完四國的扶桑叛軍，平東軍、興中軍對著奈良外圍的扶桑軍就是一陣猛轟，打退了扶桑軍對奈良的包圍，三個軍團在奈良會師。
李元奕喜極而泣，終于可以揚眉吐氣了，決心打一個翻身仗，找扶桑軍報仇。
三個統領商議后認為，扶桑軍雖然損失了三萬多人，但是主力仍在，必須發動一場大的戰役，消滅其有生力量，才能把扶桑人徹底制服。
田弘正提出了一個作戰計劃，由平海軍繼續守衛奈良一帶，興中軍向奈良以北包抄，直達琵琶湖南沿，新羅軍配置在奈良以南區域。三個軍團以奈良為中心構成一個向東的包圍圈，確保扶桑軍不能向西突圍，奈良及其以北敵軍較多，配置兩個較強的軍團，奈良以南敵軍較少，可以把較弱的新羅軍配在這里，相對合理。
平東軍則乘船繞到名古屋西南的津市海岸登陸，從后側堵住扶桑軍東逃的道路，得手后以響箭為號，四軍同時發起攻擊，對扶桑軍來一場大的絞殺戰。
圍攻奈良的扶桑叛軍，主要聚集在奈良周圍及其以東、以北地帶，奈良以南是伊勢山地，交通不便，兵力較少。
唐軍新銳力量到達后，北條政康等人預感大事不妙，但是不甘心就這樣退去，否則可能被唐軍各個擊破，所以硬著頭皮在奈良和唐軍繼續對峙。
平海軍、興中軍、新羅軍聯合行動，清理了奈良及其以西的扶桑殘軍，然后興中軍向北進發，直達琵琶湖南沿的大津，新羅軍向南進發，守衛在奈良以南的田原一帶，將扶桑軍全部擠壓到奈良以東區域。
田弘正則帶著平東軍乘船在津市海岸登陸，成功登陸后，直接揮軍向西進發，經龜山抵達伊賀。
伊賀是奈良通往名古屋的必經之路，也是扶桑叛軍預想要撤退的路線，北條政康聞知伊賀被唐軍占領，知道大事不好，急忙派兵向東反擊，企圖奪回伊賀。