元和八年，李純在對外用兵的同時，還在關(guān)注唐朝內(nèi)部的發(fā)展。近年來，經(jīng)過朝廷的持續(xù)推動，唐朝境內(nèi)的工商業(yè)日趨興旺，冶鐵業(yè)、紡織業(yè)、建筑業(yè)、零售業(yè)蓬勃發(fā)展，夏原新都在有條不紊的建設(shè)，長安到洛陽的鐵路也在推進，國家呈現(xiàn)出興旺發(fā)達的景象。
社會經(jīng)濟發(fā)展的同時，士林百姓的思想也在改變，以前被人視為奇技淫巧的科學(xué)技術(shù)，極大的改變了百姓的生活，生產(chǎn)出的火器威力驚人，在對外征討中發(fā)揮了巨大作用，讓人們對科技有了更加積極的認識，紛紛投身于技術(shù)革新當(dāng)中，民間興起了學(xué)習(xí)科學(xué)知識的熱潮。
很多人通過從事工商業(yè)賺了大錢，生活富足，商品變得更加豐富，蒸汽機開始被應(yīng)用到其他生產(chǎn)領(lǐng)域，替代了不少人力。
通過朝廷的鼓勵和現(xiàn)實證明，百姓們認為，經(jīng)商辦實業(yè)大有可為，很多農(nóng)民覺得進城務(wù)工比種地賺得多，紛紛進城尋找機會。
正在前方軍事活動和其他事業(yè)都順利發(fā)展的時候，傳來裴垍去世的消息，讓李純倍感傷心，為了表彰裴垍的功績，李純追封裴垍為太子太傅，賜其兒子裴鍠門蔭入仕。
處理完裴垍的喪事后，就進入了元和8年5月，李純的心情還有些低落，突然元稹送來一個奏折，說是扶桑派來一批遣唐使，要來大唐學(xué)習(xí)先進的技術(shù)和文化。
看到這個奏折，李純想起歷史中記載，扶桑在盛唐時期多次派遣唐使，來唐朝學(xué)習(xí)先進技術(shù)和文化。那時候的唐朝主政者志得意滿，輕易就答應(yīng)了扶桑國的請求，先后接待了大量的遣唐使，毫無保留的把自己最好的東西教給別人。
李純想起此事，就對當(dāng)時的主政者就非常痛恨，自己有點好東西恨不得連家底都交給人家，還聲稱是什么大國風(fēng)范，傳播華夏文化。
老祖宗好不容易積攢點東西，這些人崽賣爺田心不痛，全部拿去資敵，后面扶桑國強大了，就掉頭打華夏，當(dāng)時的主政者就是糊涂蛋！
自安史之亂后，扶桑人看到?jīng)]什么好學(xué)的了，就逐步減少了遣唐使的數(shù)量，以至于后面中斷。扶桑這個民族，學(xué)到了大唐的精華后，回去勵精圖治，后面發(fā)展很快，到了唐朝中后期，很多方面就都追上來了。
自元和五年后，唐朝再次出現(xiàn)復(fù)興，不僅削平了藩鎮(zhèn)，而且在經(jīng)濟、科技、文化又有了新的發(fā)展。特別是軍事工業(yè)突然興起，甚至還搞出了火車，政治改革、教育改革也在不斷推進，取得了很大的成效。
這個時候，扶桑人看到唐朝又有新東西可學(xué)，又派出遣唐使，想過來偷師學(xué)藝，把華夏的好東西挖回去。李純本想把他們趕回去，但是想著既然來了，就見見，看他們能玩出什么花樣。
次日，李純在宣政殿召見扶桑派來的遣唐使。由元稹領(lǐng)著，兩個扶桑人跟著，一起進宮拜見李純。
幾個人叩頭起來后，李純認真打量了一下他們，只見兩個人都在四十歲左右，前額剃發(fā)，留著小胡子，典型的扶桑人打扮，看著就有點不爽。
李純正看著，其中一個扶桑人開口了，此人的漢語說的很好，他恭敬地說道：“偉大的皇帝陛下，敝人安倍晉六，是扶桑國派來的遣唐使，受我國天皇藤原義孝的委托，來到大唐學(xué)習(xí)先進的技術(shù)文化，懇請皇帝陛下答應(yīng)?！?
另一個扶桑人也開口說話了：“皇帝陛下，敝人麻生二郎，是此次的副使，我們扶桑人非常仰慕大唐的文化，我們真誠的向你們學(xué)習(xí)，希望唐朝人可以好好教我們。”
李純心里涌出幾十個草泥馬，這兩個倭人裝的真像，擺出一副謙虛愛學(xué)的樣子，把偷學(xué)東西搞得那么文雅，真令人作嘔。
李純畢竟是皇帝，也不好爆粗口，就調(diào)侃地說道：“你們想學(xué)文化？可以呀，沒問題，元稹就是一個詩歌高手，朕讓他專門抽出一段時間，教你們寫詩，你們意下如何？”
安倍晉六趕忙說道：“我們在開元年間就已經(jīng)學(xué)會寫詩了，這次我們想學(xué)點技術(shù)，我們久仰唐朝的軍事技術(shù)發(fā)達，非常順利的擊敗了吐蕃，希望大唐也能教教我們。”
李純真想拿個東西砸過去！小鬼子還想學(xué)軍事技術(shù)，學(xué)完再掉頭打唐朝？真是厚顏無恥！
李純不緊不慢地說：“學(xué)習(xí)東西吧，總要有個禮尚往來，你們不能說學(xué)就學(xué)，總要有東西給我國吧。”
安倍晉六說：“我們這次來是非常真誠的，為了表示誠意，我們的天皇專門讓人選了三個最漂亮的扶桑女子，愿意獻給皇帝陛下，作為見面禮。”
李純想，什么亂七八糟的，大唐缺女人？扶桑的娘們更香？如果為了幾個扶桑女人就把唐朝的軍事技術(shù)拱手讓人，自己不就成了千古罪人？
李純假裝無奈的說：“可惜朕不愛女色，即位至今才納了一個妃子，這三個扶桑美女，還是留給你們的天皇做妃子吧?！?
安倍晉六有點著急了：“皇帝陛下，如果你們有其他要求，只要是我們能做到的，都會盡力做到，我們愿意出錢?！?
李純想到，按照計劃明年就要打扶桑，就說道：“子曰：有朋名自遠方來，不亦樂乎。怎能要你們的錢呢，與其你們來學(xué)，不如我們派人去教，最遲明年下半年，我們一定會派人去教你們?！?
安倍晉六和麻生二郎面面相覷，也不知道李純說的真假，安倍晉六只得說：“不必如此麻煩大唐，我們既然來了，還是由我們來學(xué)習(xí)吧，我們不會忘記大唐的恩情的?！?
李純想，朕對你們可沒啥恩情，到時候不要恨朕就行了，然后就說道：“軍事技術(shù)這個東西，不能光學(xué)習(xí)，更重要的是要切身體會，只有切身體會到了他的厲害，才能融會貫通?！?
兩人聽出了李純話中暗含的殺機，不禁緊張起來，安倍晉六趕忙說道：“我們扶桑人是唐朝人的朋友，不是敵人，幾百年來一直世代友好，還請皇帝陛下珍惜這段友誼?！?
嘿！還在灌迷魂湯，真是不到黃河心不死，不見棺材不落淚。李純繼續(xù)說道：
“對，唐朝和扶桑確實是好朋友，朕還要邀請你們的天皇藤原義孝來長安做客，以后就住在長安不走了，朕保管給他吃香的喝辣的，好好招呼他。”
兩個人快被李純繞暈了，安倍晉六還不死心，最后說道：“皇帝陛下太會說笑了，我們兩個來一次唐朝不容易，想走一走，看一看，領(lǐng)略大唐的強盛，還請陛下答應(yīng)。”
走啥，看啥，還想著偷學(xué)東西呢？李純當(dāng)即說道：
“元愛卿，兩個扶桑使者的這個要求還是要答應(yīng)的，那三個扶桑美女朕就不要了，但是也要讓他們領(lǐng)略一下唐朝美女的韻味，給你三天的時間，帶他們到長安六大胡同走一走，看一看，還可以現(xiàn)場體會、親密接觸。時間一到，立即送客，禮送出境！”
兩個扶桑遣唐使傻眼了，要是他們來唐朝三天專門泡妞，回去被天皇知道后，還不殺頭呀。他們看再繼續(xù)磨下去，只會越來越難受，只得泱泱而退。
送走兩個扶桑遣唐使之后，李純交代元稹，以后不要再領(lǐng)這種心懷不軌的外國人過來，要嚴(yán)密監(jiān)督管控在唐朝的外國人，絕對不能讓他們接觸到唐朝的重要技術(shù)。
打發(fā)走兩個扶桑二貨之后，李純抽出時間對當(dāng)時唐朝的發(fā)展情況進行認真的梳理分析，認為國家在不斷的發(fā)展進步，但是第一次機構(gòu)改革的不徹底，有些機構(gòu)的職能跟當(dāng)前的形勢不匹配，沒能起到很好的促進作用，亟需進行第二次機構(gòu)改革。
以前局部的教育改革，存在一定的妥協(xié)性，社會的發(fā)展證明了科技和經(jīng)濟的重要性，人民對這兩個方面的接受度有了很大的提高，經(jīng)濟的發(fā)展也需要一批具有新知識新技能的人才，必須要進行更加全面的教育改革。
李純經(jīng)過思考，決定先進行機構(gòu)改革，爭取一次改革到位，不再保留任何閑散機構(gòu)，在機構(gòu)改革中組建教育部，而后由教育部負責(zé)開展教育領(lǐng)域的大改革。
首先，禮部既要管重大活動，又要管教育，造成主業(yè)不清，同時太常寺也分管一些禮儀活動，與禮部的職能造成交叉，可以把禮部教育的職能剝離出來，單獨成立教育部，負責(zé)全國教育事業(yè)的發(fā)展，把太常寺全部人員和職能并入原來的禮部，負責(zé)所有的禮儀活動。
國子監(jiān)的職能不變，為朝廷培養(yǎng)和選拔人才的地方，新考入的進士都要在這里進行為期一年的行政、科學(xué)、經(jīng)濟、法律等方面知識和能力的培養(yǎng)。
其次，司農(nóng)寺所管的農(nóng)業(yè)和都水監(jiān)所管的水利密切相關(guān)，兩個小部門可以合并成為一個大部，稱為農(nóng)水部，既減少了一個部門，又可以有利于農(nóng)業(yè)和水利的協(xié)調(diào)推進。
戶部的職能相對太多，應(yīng)該分成兩個部門，一個是財稅部，專門負責(zé)財政管理和收取賦稅，集中精力管好國家財務(wù)；一個是民政部，集中負責(zé)戶口、婚喪、宗教、民族事關(guān)百姓的各類基礎(chǔ)事務(wù)，特別是處理好新征服地區(qū)少數(shù)民族的融入問題。
工部的職能也要進行分解，成立建設(shè)部，專門負責(zé)國家大項工程的建設(shè)，對民間的各類工程、房屋建設(shè)進行管理；成立交通部，負責(zé)道路建設(shè)、修建鐵路，水運、海運也要管起來；將科工部的建筑司抽出來給建設(shè)部，把交通司抽出來給交通部。
對科工部剩余的機構(gòu)進行重組，在科技司的基礎(chǔ)上組建科學(xué)司、技術(shù)司，其中科學(xué)司加掛科學(xué)院的牌子，負責(zé)科學(xué)知識的推廣，搜集一些科學(xué)理論和技術(shù)專家加入科學(xué)院，技術(shù)司則重點負責(zé)每年科學(xué)大會的籌辦，推廣重要的使用的技術(shù)。新的科工部包含火器司、戰(zhàn)船司、科學(xué)司、技術(shù)司，集中精力負責(zé)軍事工業(yè)和科技發(fā)明的推廣。
大理寺、刑部、御史臺也要進行重整，大理寺改為審判院，專門負責(zé)重要案件的審理判定；刑部改為司法部，專門負責(zé)社會治安和各類法律的制定；御史臺改為監(jiān)察院，專門負責(zé)對公職人員的監(jiān)督、調(diào)查和公訴。
吏部改為人事部，不再局限于管理官吏，對其他公職人員都要管理，對全國的官員和公職人員進行總量控制，防止財政供養(yǎng)人員過多、過濫。
太仆寺負責(zé)馬政主要和兵部征用戰(zhàn)馬有關(guān)，主要職能并入兵部，在兵部成立軍馬司，關(guān)于民間養(yǎng)馬和養(yǎng)畜的職能并入農(nóng)水部。衛(wèi)尉寺作為京師衛(wèi)戍區(qū)實際上就是一支保衛(wèi)功能的部隊，可改為衛(wèi)尉軍。
李純考慮成熟以后，就和李吉甫、武元衡等朝臣商議自己的改革方案，李吉甫等人感覺這又是一個大動作，對行政機構(gòu)改革的力度非常大。
朝臣們覺得，這次行政機構(gòu)改革，新組建了好幾個部門，增加了很多確實需要的職能，自然也增加了官位，自然贊成。
李純即位以來，所做的很多事情剛開始大家看不懂，但是后來都逐步發(fā)揮了巨大效果，藩鎮(zhèn)問題解決了，國力富強了，對外戰(zhàn)爭連續(xù)獲勝，大家對李純的眼光和能力有了客觀的認識，所以這次機構(gòu)改革獲得絕大多數(shù)人的同意，一致通過。
經(jīng)過改革，名義上歸尚書省管轄的部變成了13個，分別為：禮事部、教育部、人事部、軍事部、科工部、農(nóng)水部、財稅部、民政部、工商部、外事部、建設(shè)部、交通部、司法部。
審判院、監(jiān)察院單獨設(shè)置，主官為為正三品的正使，兩院相當(dāng)于正部級單位，直接對皇帝負責(zé)，保證辦案不受干擾。
衛(wèi)尉軍、國子監(jiān)均為正四品副部級單位，衛(wèi)尉軍主管京師衛(wèi)戍，比較重要，直接對皇帝負責(zé)；國子監(jiān)主要負責(zé)人才的培養(yǎng)，與教育密切相關(guān)，可由教育部代管。
原來隸屬于太常寺的欽天監(jiān)，相當(dāng)于一個正五品的司級單位，主管天文、歷法事務(wù)，也涉及到氣象、地震等事務(wù)，可以劃歸新的禮事部管理。
中書省不直接管轄各部門，但實際上為朝廷政務(wù)的核心機構(gòu)，左右丞帶三個光祿大夫，負責(zé)朝廷日常事務(wù)的處理，向皇帝提出建議，并按照皇帝的意見下達各類政令。把翰林院作為中書省的輔助辦公機構(gòu)，設(shè)為正四品副部級單位，相當(dāng)于中書省的辦公廳。
門下省作為對中書省監(jiān)督單位，對于其政令進行審查，對于其不合適的部分提出意見，對于朝廷的施政方針也可以單獨提出意見，相當(dāng)于朝廷顧問的角色。
樞密院作為皇帝的私人辦公機構(gòu)，為正三品正部級單位，設(shè)置秘書司（文案和值班）、宗正司（管理宗室）、察訪司（調(diào)查私訪）、廷衛(wèi)司（御林軍）、太府司（皇家后勤），樞密院專門處理與皇帝、宗室密切相關(guān)的事務(wù)，避免與朝廷事務(wù)攪在一起。
內(nèi)侍監(jiān)單純作為皇宮內(nèi)部的管理機構(gòu)，為正四品副部級單位，只負責(zé)宮廷內(nèi)的各項事務(wù)，宮外的事務(wù)一律不得干預(yù)，杜絕宦官干政的機會。
經(jīng)過這次改革，行政機構(gòu)有增有減，原來一些務(wù)虛清閑的部門基本都被撤并掉了，新增了很多國家建設(shè)需要的部門，雖然總的部門數(shù)量有所增加，但是都是國家發(fā)展需要的部門，改革后各部門的職能更加清晰，不會再互相干擾內(nèi)耗。